731部队是在抗日战争(1937-1945)和第二次世界大战期间，侵华日军从事生物战细菌战研究和人体试验相关研究的秘密军事医疗部队。731部队伪装成一个水净化部队。731部队把基地建在中国东北哈尔滨附近的平房区，这一区域当时是傀儡政权满洲国的一部分。一些研究者认为超过10，000名中国人，朝鲜人，以及联军战俘在731部队的试验中被害， 但是对于数量的多少还存在争议。
日本关东军第七三一部队，是日本军国主义准备细菌战的特种部队，在战略上占有重要地位。日本军人所谓的"小小的哈尔滨，大大的平房"，在某种意义上正说明了这一点。就其规模来说，实属世界上最大的细菌工厂。就其地位来说，它归属日本陆军省、日军参谋本部和日本关东军司令部双重领导。人事配备是很强的。拥有从事细菌战研究工作人员二千六百余人，其中将级军官五名，佐级军官三十余名，尉级军官三百余名。从一九三六年到一九四二年七月由石井四郎中将为部队长，一九四二年八月到一九四五年二月北野政次少将接任部队长，一九四五年三月到同年八月石井四郎又重任部队长。它的直属各个部以及各个支队都配备佐级军官负责，对一些重要部门都配备了少将级军官负责。第七三一部队分为八个部和四个支队：
第一部（细菌研究），菊地少将为部长。下属有专门从事鼠疫研究的"高桥班"，从事研究的"笠原班"，从事细菌媒介--昆虫研究的"田中班"，从事冻伤研究的"吉村班"，从事赤痢研究的"江岛班"，从事脾脱疽研究的"太田班"，从事霍乱研究的"凑班"，从事病理研究的"岗本班"和"石川班"，从事血清研究的"内海班"，从事药理研究的"草味班"，从事立克次氏体（包括跳蚤）研究的"野口班"。
第二部（细菌试验），由太田大佐兼任部长。这个部下设一个分部，专门培育和繁殖供散布鼠疫菌用的寄生虫。下属一个航空班和在安达东三十五里的鞠家窑的特别试验场。这个部的主要任务是除了用人作细菌试验之外，还通过"八木泽班"对植物进行病毒研究和试验。
第三部（细菌武器制造），由江口中佐任部长。这个部下属两个工厂，一个是滤水器制造厂，这是为掩人耳目而设的。另一个是在杨马架子的瓷弹壳制造厂，专门生产"石井式"细菌炸弹等细菌武器。
第四部（细菌生产），由川岛少将任部长。这个部下设两个分部，每一分部按照分工独立地进行各种细菌的生产。
总务部，起初由中留中佐为部长，后由太田大佐兼任。该部是七三一部队本部的综合部门，权力很大，它不仅负责整个部队的财务管理、生产计划、人事分配，而且更重要的是直接与宪兵队联络和接收作细菌试验的人。
训练教育部，起初由园田大佐任部长，后来由西中佐接任部长。这个部专门负责培训从事细菌研究、生产和使用细菌武器的专业人材。据资料记载，仅少年队员的培训就进行了四期。
资料供应部，由大谷少将任部长。这个部负责各种器材、设备的供应。
诊疗部，由永山大佐任部长。这个部负责对细菌传染的预防和日本人的疾病医疗事宜。
与各部平行的还有一个石井特别班，由石井四郎的家族人员亲自把持。石井四郎的二哥次男刚男负责"特别秘密监狱"的管理，石井四郎的三哥三男负责试验动物饲养的领导工作。
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