太平洋战争爆发后，日军同时在我国沦陷区对英、美势力所经营的工厂、商店、学校、医院、教堂等强行全面占领，所有侨民包括神父、牧师等全部关入集中营。
据侯仁之《燕京大学被封前后的片断回忆》一文记载：教会学校中，纯粹由英美人主持校政的全部停办了，如燕京大学（美国人司徒雷登主持）；又如协和医学院及其附属医院（美国人胡恒德主持）；以及崇德中学等这些跟美国有关联的学校，全部封门停办了。司徒雷登等人都送进了日军集中营。燕京大学封门之后，一时学生、教授、工作人员等无处可去。失学、失业，交通阻隔，又不能一下子全撤退到大后方；即使有能力南下，也不能一下子撤离，要秘密离开北平，辗转越过封锁线，还要有人带路，冒着生命危险。而且当时南下到后方去，或走河南、安徽，或走浙江西面，或走水路温州……都要找到关系才能走。
后来燕京大学师生虽有一部分到了四川成都又办起“华西燕京大学”，但另一部分还留在北平市。一些学生分别进了其他院校，如辅仁（法国教会大学）或中国大学；教授中有些逃亡到了南方，有的到辅仁大学教书，政治系张东荪、新闻系刘豁轩等人到了中国大学；也有到伪北大任教的，如容庚。
在这期间，好多教授还被日本侵略军逮捕关过监狱。1941年12月8日早晨，阴霾笼罩北平，日本侵略军从西苑兵营奔赴海淀，包围并占领燕京大学，对在校师生实行“甄别”，随后将大部分师生逐出校门。15名教职员及十余名学生先后遭到逮捕，被逮捕的教职员是：司徒雷登、陆志韦、张东荪、赵紫宸、蔡一谔、周学章、洪煨莲、邓之诚、陈其田、侯仁之、林嘉通、赵承信、萧正谊、刘豁轩等，他们被关押到北平炮局日本宪兵队监狱。
被逐出校园的师生，有些陆续潜往内地，到四川成都进入华西燕京大学。
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