1206年﹐成吉思汗统一蒙古草原各部﹐把卫队扩充至万人﹐编成名为“怯薛”的禁卫军﹐平时轮番值宿﹐战时充“大中军”﹐随大汗出征﹔并将各部落按千户﹑百户统编﹐成年男子均有出军之义务﹐上马备战斗﹐下马屯聚牧养﹐实行兵牧合一的制度﹐使军事组织与社会组织融为一体。1260年﹐元世祖忽必烈即位﹐政治重心南移﹐军事制度也深受中原前代王朝的影响﹐加强中央集权﹐组建侍卫亲军﹐但仍保留了蒙古部族军队的许多成分。
皇帝统驭军事大权。下设枢密院﹐专掌军政﹐为最高统军机构﹐其要职多由蒙古﹑色目贵族担任﹐征讨﹑戍守﹑简阅﹑差遣﹑举功等均由其秉承皇帝旨意统一管理。元初和元末征战较多﹐往往分设行枢密院﹐就地节制军事。行枢密院常冠以地域的名称﹐多为临时设置。中书省设兵部﹐管理屯田牧养等事﹐有时并管领驿站。各地军政则由行省丞相负责﹐通常也由蒙古﹑色目人担任。
军队主要由四部分构成﹕蒙古军﹐由蒙古人包括部分色目人组成的部队﹔探马赤军﹐初指从蒙古诸部抽取精锐组成的前锋﹑重役或远戍部队﹐後来也有色目人﹑汉人等加入﹔汉军﹐即由原金朝地区的汉人和部分女真人﹑契丹人组成的部队﹐还包括早期改编的南宋降军﹔新附军﹐即灭南宋前後改编的原宋军。此外﹐侍卫亲军中还有不少按族属组编的色目人部队。军队按十进制编制﹐分为万户府(统兵3000~7000人)﹑千户所(统兵300~700人)﹑百户所﹑牌子(10户)等4级﹐分由万户﹑千户﹑百户﹑牌子头统领。非蒙古军的万户府﹑千户所又置“达鲁花赤”﹐是为监军官﹐专由蒙古或色目贵族担任。万户府上设都万户府﹑大都督府等﹐侍卫亲军在千户所上设指挥使司。
蒙古军(包括色目人部队)主要是骑兵。汉军﹑新附军大多为步军﹐也配有部分骑兵。水军编有水军万户府﹑水军千户所等。炮军由炮手和制炮工匠组成﹐编有炮手万户府﹑炮手千户所﹐设有炮手总管等。一部分侍卫亲军中﹐还专置弩军千户所﹐管领禁卫军中的弓箭手。
军队依承担任务的不同﹐区分为宿卫和镇戍两大系统。宿卫又分为皇帝直辖的“怯薛”军和由枢密院统领的侍卫亲军﹐平时主要护卫宫廷﹐守卫京畿﹐战时也出京征伐﹔镇戍诸军﹐屯戍於全国冲要地区。北方是蒙古军﹑探马赤军的重点戍防地区﹔淮河以南主要由汉军﹑新附军屯戍﹐并配置部分蒙古军和探马赤军。边境地区由分封或出镇其地的蒙古宗王所部和土着部族军配合镇守。各级军官一般实行世袭制﹐但朝廷能调动和另行任命。
被划为出军当役的人户称军户﹐父子相继﹐世代相袭﹐不准脱籍。蒙古军﹑探马赤军和汉军军户﹐占田地4顷以内的可免交地税﹐一般可免除科差杂役。对上述3种军户﹐分别设立专门的管领机构﹐称为“奥鲁”(见图)﹐负责监督军户出丁当役﹐保证战时有充足的兵源﹐并要向军户徵发其当役亲属所需的钱物。蒙古军﹑探马赤军的家属多随军迁徙﹐与屯驻地点相隔不远﹐其“奥鲁”隶属於当役军人所在的万户府﹑千户所之下。汉军出征﹐家在乡里﹐其“奥鲁”由所在州县管民官兼领。新附军多未设置“奥鲁”﹐军户由所在地区管民官与本军协同治理。
元朝极其重视对马匹的管理。中央设太仆寺专掌马政﹐在水草丰盛地区设养马千户所监牧。民户养马30~100匹﹐须抽取1匹入官。此外还经常强徵民马。
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